Sua candidatura foi apoiada pelo Departamento de Estado norte-americano, mas provocou um protesto dos senadores republicanos Tom Cotton, Jim Risch e Marco Rubio, que enviaram uma carta ao secretário de Estado norte-americano John Kerry.
Na carta os senadores norte-americanos acusaram Gottemoeller de "evidente falta de vontade" para informar a OTAN sobre "violações russas na área de controle de armas conforme o Tratado de Forças Nucleares de Alcance Intermédio". Mencionaram também "declarações incorretas" de Gottemoeller em relação a isso e sua reputação como "simpatizante da Rússia".
"Agora não é o tempo para nomear para o cargo de secretário-geral adjunto da OTAN 'um simpatizante da Rússia', verdadeiro ou suposto", diz a carta.
O Tratado de Forças Nucleares de Alcance Intermédio foi assinado pela União Soviética e os EUA em 1987. Proíbe às partes possuir mísseis balísticos e mísseis de cruzeiro com alcance de 500 até 5,5 mil quilômetros. Moscou e Washington se acusam mutuamente de violações desse tratado.