Preso desde abril pela Polícia Federal como parte das atividades da Lava-Jato, ele teve a prisão preventiva pedida junto a outros quatro suspeitos pelo Ministério Público Federal (MPF) de São Paulo. A acusação que o levou ao carcere foi de formação de quadrilha, peculato e inserção de dados falsos em sistema público de informação.
Paulo Preto é apontado nas investigações da Lava-Jato como um operador de Serra em desvios de recursos da obra. Ele foi citado ao menos 7 vezes por delatores da Odebrecht, Andrade Gutierrez e Adir Assad, além de ter o nome citado em depoimentos da OAS e Queiroz Galvão.
Executivos afirmam que ele pediu um total de 0,75% de suborno sobre o valor das obras do trecho sul do Rodoanel, o que segundo o jornal Folha de São Paulo, poderia chegar ao montante de R$ 26,3 milhões.
Localizado na região metropolitana de São Paulo, o Rodoanel é uma das maiores obras urbanas já realizadas na região e é constatantemente utilizado pelos governos do PSDB como um trunfo da gestão tucana sobre o estado de São Paulo.