Pérez ganhou notoriedade em 2017 ao sobrevoar prédios governamentais na capital Caracas atirando granadas de um helicóptero.
"Se fez um uso progressivo e diferenciado da força para neutralizar a célula terrorista", afirmou o ministro do Interior da Venezuela. O presidente Nicolás Maduro também classificou Pérez como "terrorista" em discurso.
Em sua conta no Twitter, Pérez publicou vídeo na segunda-feira em que aparece com o rosto coberto de sangue e diz que a polícia está disparando contra o local onde seu grupo estava escondido.
A Assembleia Nacional, controlada pela oposição a Maduro, irá criar uma comissão especial para apurar a morte do ex-militar.
A ONG Programa Venezuelano de Educação e Ação em Direitos Humanos (Provea) exigiu em comunicado que o governo informe com precisão os acontecimentos.