Segundo o jornal britânico The Independent, o clipe desapareceu do site depois de ataque hacker. Possivelmente, os malfeitores hackearam as contas musicais do canal VEVO, onde foram publicados os clipes de Fonsi e de outros cantores famosos. Além de terem apagado "Despacito" do YouTube, os hackers renomearam vídeos de muitos artistas, tais como Shakira e Selena Gomez.
Ao invés do clipe, hackers publicaram cenas da série de televisão espanhola, La casa de papel, nas quais um grupo de pessoas de máscaras aponta armas para a câmera. O vídeo já foi removido.
Depois de algum tempo excluído, o vídeo já pode ser encontrado no YouTube com a mesma quantidade de visualizações anterior. No que diz respeito aos clipes de Selene Gomez, Adele, Shakira e de outros artistas, que foram renomeados, já voltaram ao normal.
Anteriormente, "Despacito" se tornou o clipe mais visto do YouTube, com 5 bilhões de visualizações.