"As vítimas ainda estão sendo identificadas", disse Frans Barung Mangera, porta-voz da polícia de Java Oriental.
A Indonésia é o maior país de maioria muçulmana do mundo e tem visto um recente ressurgimento da militância doméstica.
A polícia disse à imprensa que os ataques foram realizados por "homens-bomba" e que pelo menos duas pessoas foram mortas e 13 ficaram feridas nas explosões.
Imagens de televisão mostraram detritos espalhados pela entrada de uma igreja e da polícia isolando as áreas à medida que as multidões se reuniam.
As autoridades também estão investigando se houve uma explosão em uma quarta igreja.
A Indonésia abriga um número significativo de cristãos, hindus e budistas, mas há preocupações com a crescente intolerância.
Extremistas realizaram uma série de ataques contra cristãos e outras minorias nos últimos anos.
A polícia indonésia atirou e feriu um homem que atacou uma congregação da igreja, na cidade de Sleman, com uma espada durante a missa dominical em fevereiro.
O islamista radical, que queria lutar com o grupo terrorista Daesh na Síria, feriu quatro pessoas.