O incidente aconteceu na última quinta por volta das 20h25, hora local. Os dois F-15 da JASDF entraram na pista e se preparavam para decolagem, seguindo o que um porta-voz da JASDF referiu como uma tentativa de "impedir um possível ataque estrangeiro em território japonês". Nenhum outro esclarecimento foi oferecido pela Força Aérea quanto à natureza da missão ou dos países envolvidos.
Um Bombardier DHC8-Q400, operado pela Ryukyu Air Commuter e transportando 35 passageiros vindos de Miyako, porém, estava se preparando para aterrissar em Okinawa na mesma pista. Os jatos foram retirados às pressas da pista após serem alertados sobre o avião de passageiros pelo controle de tráfego aéreo. O avião comercial pousou com segurança no aeroporto de Naha por volta de dois minutos depois.
De acordo com oficiais da JASDF, os pilotos de jatos de caça não seguiram corretamente as instruções do controlador de voo. O incidente vai ser investigado pelo Ministério de Terra, Infra-estrutura, Transporte e Turismo do Japão, que classificou o incidente como um evento com "risco muito alto" de colisão.