Moro, que é responsável pelos processos da Lava Jato em Curitiba (PR), está sendo investigado pelo Conselho Nacional de Justiça (CNJ) pela sua conduta ao intervir, mesmo estando de férias, no pedido de soltura de Lula. Na ocasião, Moro declarou que Favreto não tinha competência para liberar o petista e pediu a manifestação do relator da Lava Jato em segunda instância.
"A imprensa vive questionando os juízes que a as férias são muito longas, e quando o juiz trabalha nas férias também criticam. Mas existem precedentes. Há uma apuração no CNJ, no qual já apresentei minha resposta com todas as razões. Podem me acusar de muita coisa, mas sempre agi com transparência", disse Moro ao participar de um debate sobre combate à corrupção, em São Paulo.
Sérgio Moro também destacou que já apresentou a resposta sobre os seus atos ao CNJ, sem dar detalhes.
No dia 8 de julho, o desembargador Rogerio Favreto atendeu a um pedido de liberdade feito por deputados do PT em favor de Lula. Em seguida, o juiz Sergio Moro e o desembargador do Tribunal Regional Federal da 4ª Região Gebran Neto, ambos relatores dos processos da Operação Lava Jato, derrubaram a decisão de Rogério Favreto de conceder habeas corpus a Lula por entenderam que o magistrado não tinha competência para decidir a questão. No mesmo dia, o entendimento foi confirmado pelo presidente do TRF, Thompson Flores.
O Conselho Nacional de Justiça (CNJ) intimou no último 19 de julho os desembargadores Rogério Favreto, João Pedro Gebran Neto e o juiz federal Sérgio Moro a prestarem informações sobre as decisões conflitantes envolvendo o ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva.