O Comitê de Direitos Humanos das Nações Unidas (CDHNU) instou as autoridades lituanas a investigarem as alegações de que uma prisão secreta da CIA operava no estado báltico.
"O CDHNU está preocupado com o fato de que a investigação pré-julgamento não foi concluída, nenhum suspeito foi identificado e todas as informações sobre o progresso e os resultados deste inquérito são confidenciais", declarou o comitê à rede de notícias lituana Delfi.
"O Estado deve assegurar que os perpetradores sejam condenados e, se considerados culpados, punidos com as sanções apropriadas; as vítimas devem ter acesso garantido a proteção legal efetiva", destacou a CDHNU.
No final de junho de 2016, o Tribunal Europeu dos Direitos Humanos (ECHR) em Estrasburgo realizou uma audiência pública no processo movido pelo detento da Baía de Guantánamo, Abu Zubaydah, contra Vilnius. Acusado de envolvimento nos ataques de 11 de setembro, Abu Zubaydah afirmou ter sido submetido a condições desumanas e tortura em uma prisão secreta da CIA na Lituânia.
O ECHR determinou que a Lituânia deveria pagar €130 mil euros para Abu Zubaydah, mas a decisão cabe recurso. Em novembro de 2009, a comissão parlamentar lituana de Segurança Nacional e Defesa abriu uma investigação após a alegação divulgada pela ABC News que a Lituânia forneceu à Agência Central de Inteligência (CIA) dos EUA um prédio perto da capital Vilnius para deter e possivelmente interrogar oito membros da al-Qaeda entre 2004. e 2006.