Em 1943, o chefe da Luftwaffe (Força Aérea alemã), Herman Goering, afirmou que o novo avião deveria responder a três requisitos, sendo eles: uma carga de bombas de 1.000 kg, um raio de ação de 1.000 km e respectivo regresso e uma velocidade com carga de 1.000 km/h, assim poderia atingir alvos na Inglaterra. Dessa forma, os irmãos Horten anunciaram que isso seria possível apenas em aeronaves equipadas com motores a jato, conforme publicação de Sebastien Roblin da revista The National Interest.
O Horten IX tornou-se um projeto oficial em setembro de 1944, quando passou a ser chamado de Ho 229 e que deveria ser produzido em massa. Os primeiros testes do protótipo Ho 229 V1 foram realizados em Gottingen, em março de 1944. Subsequentemente, o protótipo V2 foi equipado com motores turbojato Junkers Jumo 004B e, além disso, foi equipado com assento ejetor e trem de pouso triciclo para habilitar a aeronave a transportar cargas pesadas.
O Ho 229 possuía uma ótima velocidade, fazendo com que acreditassem que a versão de série seria capaz de atingir os 975 km/h, fazendo com que Horten planejasse um terceiro protótipo equipado com canhões Mark 103 de 30 mm. Porém, em abril de 1945, durante o período final da guerra, os militares americanos se esforçaram para capturar avançadas pesquisas alemãs, dentre elas conseguiram obter um planador e um Horten Ho 229 V3, que estava em fase final de montagem.
Na época, os americanos se iniciaram na produção de aeronaves turbojato de compressor axial, inclusive sendo comparadas com o bombardeiro B-2 americano devido a semelhança, provocando reivindicações por parte de Reimar Horten.
O modelo Ho 229, que deveria ser produzido, teria duas turbinas 004B-1, uma velocidade máxima de 959 km/h, alcance de 2.800 km e teto de 15.750 m, além disso, seria equipado com dois ou quatro canhões MK108 de 30 mm.
O Ho 229 poderia ter sido um adversário formidável nos céus da Segunda Guerra Mundial, mas o avião não ficou pronto para produção em massa até o fim da guerra devido à captura americana durante a fase final de montagem.