O som da sirene alertou mais de 200 mil moradores de Be'er Sheva para encontrar um abrigo em meio ao fogo do míssil.
"Um lançamento [de um míssil] da Faixa de Gaza com o objetivo de atingir o território israelense foi registrado", disse o comunicado.
Não há relatos sobre vítimas ou danos causados pelo ataque.
As tensões entre israelenses e palestinos na fronteira de Gaza vêm aumentando desde o final de março, o que marcou o início de uma onda de protestos chamada Grande Marcha de Retorno.