Desde o início do surto, em agosto, foram 291 casos registrados.
Cerca de metade dos casos ocorreram em Beni, cidade de 800 mil habitantes, na região do Kivu Norte.
O Departamento de Operações de Manutenção da Paz da ONU pediu na sexta-feira aos grupos armados que atuam na região que não atrapalhem os esforços para combater a doença.
"Dois de nossos colegas da Unidade Médica de Resposta Rápida perderam a vida em um ataque", disse ele.
O surto é o décimo na República Democrática do Congo desde que o Ebola foi detectado pela primeira vez em 1976.
O Ebola é uma doença infecciosa grave que pode se espalhar rapidamente através de pequenas quantidades de fluido corporal, causando hemorragia interna e, potencialmente, morte.
Desde que um programa de vacinação começou em 8 de agosto, mais de 25 mil pessoas foram imunizadas, disse o Ministério da Saúde no início deste mês.