Relatórios anteriores sugeriram que um palestino de 16 anos de idade foi morto e outras 40 pessoas ficaram feridas.
Um dos mortos foi um homem de 28 anos que foi atingido por um tiro no estômago, disse o ministério.
O Egito renovou seus esforços para mediar o conflito entre Israel e a Palestina. As tensões aumentaram na semana passada depois que um homem armado matou dois soldados israelenses na Cisjordânia ocupada, provocando ataques violentos das forças israelenses.
As tensões entre os israelenses e os palestinos perto da fronteira de Gaza aumentaram desde o final de março, no início da Grande Marcha de Retorno. Centenas de palestinos, incluindo crianças, foram mortos por tropas israelenses desde então.