A viagem corre o risco de aumentar ainda mais as tensões com a China, que considera a Taiwan como um território seu e não descartou o uso da força para colocar a ilha auto-governada sob seu controle.
O Ministério da Defesa de Taiwan disse em comunicado que os navios estavam se movendo em direção ao norte e que a viagem deles estava de acordo com os regulamentos.
O órgão disse que Taiwan monitorou de perto a operação para "garantir a segurança dos mares e a estabilidade regional".
O movimento provavelmente será visto em Taiwan como um sinal de apoio do governo do presidente dos EUA, Donald Trump, em meio ao crescente atrito entre Taipei e Pequim.
Pequim enviou vários bombardeiros e aviões através do Canal Bashi, que separa Taiwan das Filipinas, na quinta-feira, afirmou em comunicado separado o Ministério da Defesa de Taiwan.
Uma operação chinesa similar foi conduzida na terça-feira, disse o ministério, e ambos foram monitorados de perto.
O presidente chinês, Xi Jinping, disse no início de janeiro que a China se reserva o direito de usar a força para colocar Taiwan sob seu controle. Em resposta, Tsai prometeu defender a democracia da ilha e pediu apoio internacional para proteger o modo de vida de Taiwan.
Trump recentemente assinou a Lei da Iniciativa da Reafirmação da Ásia reafirmando o compromisso dos EUA com Taiwan, incluindo a venda de armas.