Obrador disse que enviou uma carta ao rei Felipe VI, da Espanha, e ao papa Francisco, sobre o que ele chamou de "invasão" e "muitas ofensas cometidas".
"Houve assassinatos, imposições", disse o presidente em um vídeo filmado com as ruínas maias ao fundo e publicado nas redes sociais. "A chamada conquista foi realizada com a espada e a cruz."
Ele solicitou um pedido de desculpas aos "povos originais pelas violações do que hoje é conhecido como direitos humanos".
O governo espanhol divulgou comunicado lamentando que a carta tenha sido divulgado e rejeitou seu conteúdo "com toda firmeza".
"A chegada, há 500 anos, dos espanhóis ao que hoje é território mexicano não pode ser julgada à luz das considerações contemporâneas", diz o comunicado espanhol. "Nossos irmãos sempre souberam ler nosso passado compartilhado sem raiva e com uma perspectiva construtiva, como povos livres com uma herança em comum e uma projeção extraordinária."
O texto exato da carta não foi divulgado.
Obrador disse que 2021 — o aniversário de 500 anos da conquista de Tenochtitlán, a capital do império asteca na atual Cidade do México — deve ser um ano de "reconciliação histórica".
"É hora de dizer que vamos nos reconciliar, mas primeiro vamos nos desculpar", disse ele. "Eu também vou [me desculpar] porque depois da colonização houve muita repressão dos povos originários".
Em 2015, o Papa Francisco pediu desculpas na Bolívia pelos crimes da Igreja Católica Romana contra os povos indígenas durante a conquista das Américas.