Bolsonaro, que tem um histórico de comentários homofóbicos - declarou certa vez que preferiria que seu filho morresse a ser homossexual - também disse que o tribunal estava "completamente errado" porque havia entrado em território legislativo.
Na quinta-feira, o Supremo votou oito a três a favor da classificação de crimes contra pessoas gays e transgêneros como semelhantes ao racismo, até que o Congresso Nacional aprove uma lei que aborde especificamente tal discriminação.
O Congresso é formado por uma maioria conservadora e é fortemente influenciado pelas igrejas evangélicas.
O Brasil, que tem uma das taxas mais altas de violência contra minorias sexuais do mundo, agora se une a um número crescente de países na região tipicamente conservadora e influenciada pela Igreja Católica na América Latina, que aprovaram medidas em favor dos direitos LGBT.
Falando aos repórteres nesta sexta-feira, Bolsonaro afirmou que os empregadores "pensariam duas vezes" antes de contratar uma pessoa gay por medo de serem acusados de homofobia.
Bolsonaro também levantou novamente a possibilidade de nomear um juiz evangélico para o mais alto tribunal do país para ajudar a "equilibrar" a Corte.
Os três juízes que votaram contra a medida concordaram com Bolsonaro em seu argumento de que criminalizar a homofobia era trabalho do Congresso, não do tribunal.
"Somente o Congresso pode aprovar [a definição de] crimes e penalidades. Somente o Congresso pode aprovar leis sobre conduta criminosa", declarou no julgamento o ministro Ricardo Lewandowski.
Segundo a ONG Grupo Gay de Bahia, que coletou estatísticas nacionais nas últimas quatro décadas, houve 387 assassinatos e 58 suicídios devido à "homotransfobia" em 2017, um aumento de 30% em relação a 2016. Isso resulta em uma morte LGBT por suicídio ou assassinato a cada 19 horas no Brasil.