Oficialmente estes aviões foram retirados do serviço em 2008, porém eles vão aparecendo de vez em quando, dando assim origem a inúmeras hipóteses sobre suas missões.
Em particular, é alegado que os F-117 Nighthawk poderiam ser usados em testes de capacidades furtivas, ou então, segundo o portal The Drive, como inimigo virtual em manobras aéreas.
Por sua vez, o jornal The Aviationist tem publicado várias vezes imagens de voos destes caças-bombardeiros nos arredores do Campo de Provas de Tonopah, no estado de Nevada, também conhecido como Área 51, que é considerada uma das bases mais secretas dos EUA.
O caça-bombardeiro começou a participar de combates em 1989. Foi usado em operações como a "Tempestade no Deserto", durante a Guerra do Golfo de 1991, e em missões no Kosovo em 1999, onde um desses aviões foi abatido por um obsoleto míssil iugoslavo de produção soviética, sendo depois cuidadosamente estudado.