Helder Barbalho é filho do senador Jader Barbalho (MDB), político considerado a maior liderança do estado do Pará. É formado em administração e iniciou sua trajetória política em 1997, quando se filiou ao PMDB (atual MDB). Em 2000, foi eleito vereador em Ananindeua. Dois anos depois, renunciou ao cargo de vereador após ser eleito deputado estadual.
Em 2004, renunciou ao mandato após ser eleito prefeito de Ananindeua. Foi reeleito em 2008. Em 2014, disputou, sem sucesso, o governo do Pará, sendo derrotado por Simão Jatene (PSDB). Foi anunciado ministro da Pesca e Aquicultura em 2015, por Dilma Rousseff, que iniciava seu segundo mandato presidencial.
Permaneceu no cargo até 2 de outubro, quando a pasta foi extinta durante uma reforma ministerial de Dilma. No mesmo dia foi realocado, sendo nomeado ministro-chefe da Secretaria Nacional de Portos, em substituição a Edson Coelho Araújo.
Pediu demissão do cargo em abril de 2016, após a abertura do processo de impeachment de Dilma, votando a favor da destituição da petista. Em maio de 2016, foi anunciado pelo então presidente interino, Michel Temer, como ministro da Integração Nacional.