Rafael Fonteles é professor universitário de economia matemática. Em janeiro de 2015, foi alçado ao posto de secretário da Fazenda do Piauí.
Posteriormente foi eleito presidente do Comitê Nacional dos Secretários de Fazenda dos Estados e do Distrito Federal (Comsefaz) para o biênio 2019–2021 e reeleito para o biênio 2021–2023.
Ele é filho do ex-deputado estadual e federal Nazareno Fonteles, que foi um dos fundadores do PT no Piauí. Neste ano, disputa seu primeiro cargo político, concorrendo ao governo do Piauí pelo PT.