Pirc Musar obteve 54,03% dos votos, à frente de Logar, que obteve apenas 45,96%, segundo dados do comitê eleitoral com 98,29% dos votos processados.
Quase 1,7 milhão de eleitores qualificados puderam votar em cerca de 3.000 seções eleitorais em todo o país. Os locais foram fechados sem incidentes registrados, de acordo com a comissão eleitoral.
Logar reconheceu a derrota para a candidata rival e a parabenizou pela vitória. Logar serviu como chanceler no governo do premiê Janez Jansa, que tem fornecido armamentos para a Ucrânia diante do conflito com a Rússia.
"Natasa Pirc Musar se torna a quinta presidente da Eslovênia e a primeira mulher presidente, eu a parabenizo", disse Logar em comunicado.
Logar disse que Pirc Musar pode ser uma boa chefe de Estado se ela se tornar "a líder de todos os cidadãos".
A presidência da Eslovênia tem principalmente poderes cerimoniais. Cabe ao incumbente proclamar as leis aprovadas pelo parlamento, nomear certos cargos, incluindo os juízes do tribunal constitucional, o chefe do Banco Central e os embaixadores, além de organizar as eleições parlamentares.