Por um lado, durante seus mandatos, foram lançadas as bases para diversas instituições modernas no país, incluindo o Partido Nacional de Honduras. Ao mesmo tempo, sua administração foi marcada por uma estreita relação com a empresa americana United Fruit Company e pelos amplos privilégios concedidos a ela.
Em troca de apoio financeiro, Bonilla concedeu generosas vantagens, incluindo direitos de exploração de recursos naturais e desenvolvimento de infraestrutura. Considera-se que, sob seu governo, Honduras se tornou o modelo de república das bananas descrito por O. Henry em seu livro "Repolhos e Reis".