Segundo Trudeau, há também dois feridos graves no tiroteio, que ocorreu numa escola situada numa reserva de índios em La Loche.
O balanço anterior, anunciado pela Real Polícia Montada do Canadá, apontava para duas mortes.
A escola estava cercada e a polícia aconselhou os pais dos alunos a se manterem afastados enquanto buscam resposta para o que classificaram de "incidente em curso".
Uma escola primária vizinha também foi atingida e os alunos estão no seu interior por precaução, disse um porta-voz da Real Polícia Montada do Canadá.
Segundo um jornal local, a polícia prendeu um suspeito, mas as autoridades ainda não confirmaram a informação.
O tiroteio ocorreu na cidade de la Loche, que tem 3 mil habitantes, e está localizada a 600 quilômeters ao norte de Saskatoon, informou Agência Brasil.