Apesar da teoria levantada na época a respeito de um ato terrorista, a família e os amigos do copiloto egípcio Gameel Al-Batouti afirmaram que ele não era um verdadeiro fiel do Islã e que seu ato suicida provavelmente fora cometido em vingança por ações disciplinares tomadas anteriormente pela EgyptAir contra o copiloto, devido a acusações de "má conduta sexual".
Al-Qaida: 9/11 Inspired By Pilot Who Crashed EgyptAir 990 Into Atlantic Ocean In 1999 — https://t.co/BNhfgZtL6l pic.twitter.com/y8hEazMpvT
— Neias N more (@NeiasNmore) 3 fevereiro 2016
Quando soube do incidente, Bin Laden teria se feito uma pergunta: "Por que ele não jogou o avião contra um edifício?" E foi nesse momento, de acordo com o artigo citado pelo The Independent, que o jihadista começou a planejar a estratégia do ataque ao World Trade Center em Nova York.