O lutador foi enterrado no cemitério da cidade, em uma cerimônia privativa da família. Na lápide, estava escrito simplesmente: Ali.
Antes do enterro, em um caixão vermelho-cereja, envolto em uma tapeçaria islâmica, o corpo do ex-atleta foi carregado em um carro fúnebre acompanhado por amigos e celebridades, entre elas os ex-boxeadores Mike Tyson e Lennox Lewis e o ator Will Smith. Os nove filhos de Ali, sua esposa, duas ex-esposas e outros parentes se juntaram ao cortejo fúnebre.
Segundo a prefeitura de Louisville, mais de 100 mil pessoas participaram nas ruas das homenagens a Muhammad Ali. Muitas vieram de outras cidades dos Estados Unidos e também do exterior.
Depois do enterro, o ex-presidente dos Estados Unidos Bill Clinton e celebridades como os atores Billy Crystal e Will Smith e o ex-boxeador Mike Tyson participaram de uma cerimônia ecumênica em uma arena de esportes da cidade, com capacidade para 20 mil pessoas, totalmente lotada. A cerimônia começou com orações muçulmanas.
O presidente da Turquia, Tayyip Erdogan, que veio especialmente aos Estados Unidos para participar dos dias de funeral de Muhammad Ali, voltou para seu país antes do tempo previsto. Segundo o jornal World Tribune, uma das versões para a partida antecipada de Erdogan era que ele queria colocar no caixão um pedaço de tecido retirado de uma mesquita de Meca, cidade sagrada dos muçulmanos. O desejo de Erdogan, porém, não teria sido atendido pelo cerimonial. Outra versão é que Erdogan queria recitar versos do Corão durante a solenidade ecumênica, mas a solicitação não teria sido aceita.