Sua construção teve início em 1998. Após a saída em massa e expulsão dos sérvios da cidade, o prédio inacabado era usado por albanos como lixeira e banheiro público.
Recentemente os representantes da diocese que controla a igreja conseguiram entrar no seu território e colocá-la em ordem. Mas isso não continuou por muito tempo, pois então grupos de estudantes radicais penduraram uma faixa antissérvia e anunciaram que a igreja tem que ser demolida e que perto da universidade de Prishtina não há lugar para um "objeto símbolo dos tempos de Milosevic".
Segundo um representante da diocese, tais ofensas (ataques) nacionalistas são "anticivilizacionais". Depois no Facebook foi postado um vídeo no qual está claro que os confrontos entre estudantes e a polícia e detenção de três pessoas foi puro espetáculo que visava mostrar como o governo do Kosovo defende a igualdade de todos os cidadãos.
Segundo informou o vice-primeiro-ministro do governo de Kosovo Branimir Stoyanovic em entrevista à agência Sputnik, os eventos na igreja em Pristina não são novidade para os sérvios:
"É importante que nós tenhamos dado o primeiro passo, devolvemos à igreja sua aparência digna. Continuaremos a favor da construção da igreja e de seu uso para os fins a que se destina", declarou.
A Catedral do Cristo Salvador foi construída em Pristina em 1998 e já em 1999 se tornou alvo de extremistas albanos que a queimaram várias vezes. Em 2012, o governo anunciou a intenção de destruir a igreja e erguer no seu lugar um centro memorial.