O Instituto Vladimir Herzog figura entre as entidades que representaram junto ao Conselho Nacional de Justiça contra o Desembargador Ivan Sartori, do Tribunal de Justiça de São Paulo, pedindo punição ao magistrado pelo fato de ele ter anulado as sentenças condenatórias dos policiais militares envolvidos no Massacre do Carandiru, episódio de outubro de 1992 que resultou na morte de 111 presos. O desembargador também votou pela absolvição de todos os réus, alegando que a acusação não demonstrou nos autos do volumoso processo quais policiais foram efetivamente responsáveis pelas mortes dos presos.
O confronto entre PMs e presidiários aconteceu depois que a Tropa de Choque foi chamada ao Complexo Prisional do Carandiru (posteriormente implodido) para conter uma rebelião. Passados 24 anos, com duas décadas de processos e julgamentos, o Desembargador Ivan Sartori decidiu que não havia responsabilidades criminais definidas, e por isso todas as penas deveriam ser anuladas, e todos os réus, absolvidos.
No início desta semana, entidades como o Fórum Brasileiro de Segurança Pública, a Conectas Direitos Humanos, a Justiça Global, o Conselho Nacional de Igrejas Cristãs do Brasil (Conic), a Comissão Justiça e Paz, o Laboratório de Políticas Públicas da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UFRJ), o Centro pela Justiça e o Direito Internacional (Cejil) e os Institutos Paulo Freire, Sou da Paz e Vladimir Herzog representaram contra o desembargador junto à presidente do Supremo Tribunal Federal e do Conselho Nacional de Justiça, Ministra Carmen Lúcia.
Para Ivo Herzog, ainda há outras agravantes a serem consideradas:
"Não satisfeito em cometer estes absurdos, o Desembargador Ivan Sartori declarou que as entidades voltadas para os direitos humanos e os jornalistas são financiados pelo crime organizado. Isto é muito grave, e uma declaração desta natureza deve ser alvo de punição. Afastamento ou aposentadoria compulsória, alguma medida deve ser tomada contra o desembargador pelos excessos cometidos. Vamos lembrar que o Instituto Vladimir Herzog, além de ser uma entidade defensora dos direitos humanos, tem o jornalismo no seu DNA."
