As alterações introduzidas pelos parlamentares, por iniciativa do Deputado Weverton Rocha (PDT-MA), permitem que procuradores e juízes sejam processados criminalmente por pessoas investigadas se elas considerarem que as autoridades do Poder Judiciário estão se excedendo em seus procedimentos.
A reação dos procuradores foi imediata, inclusive com os membros da Lava Jato ameaçando renunciar à Operação se o projeto for aprovado também pelo Senado e, posteriormente, sancionado pela Presidência da República. Também contrário à iniciativa dos deputados federais, o procurador-geral da República, Rodrigo Janot, criticou os parlamentares, mas atenuou o posicionamento dos procuradores da Operação Lava Jato, afirmando que eles estavam de “cabeça quente” ao se pronunciar sobre a matéria.
Entre os magistrados, uma das primeiras entidades a reagir e a se posicionar contra a atitude do Plenário da Câmara foi a Ajufe – Associação dos Juízes Federais. Seu presidente, o Juiz Roberto Veloso, fez a seguinte declaração em entrevista exclusiva à Sputnik Brasil:
"Nós, juízes da Ajufe – Associação dos Juízes Federais do Brasil, estamos perplexos diante da posição adotada pela Câmara dos Deputados, de aproveitar uma ideia muito boa, que era dar instrumentos à Magistratura, ao Ministério Público e à Polícia para investigar, apurar, processar e julgar os casos de corrupção, para, inesperadamente, sem que as pessoas estivessem preparadas para tanto, inserir dispositivos que permitirão investigar as pessoas encarregadas de denunciar os acusados de corrupção (no caso, os membros do Ministério Público) e as pessoas que têm a competência legal para julgar os denunciados (no caso, os juízes)."
Roberto Veloso acrescenta que "isso causou uma perplexidade, uma revolta, uma indignação entre a Magistratura justamente porque a Magistratura é o órgão encarregado de julgar estes casos de corrupção que são, hoje, o mal maior do Brasil. R$ 69 bilhões são desviados, anualmente no Brasil, pela corrupção, para atender interesses particulares."
Segundo o presidente da Ajufe, os juízes federais têm esperança de que o projeto aprovado na Câmara seja rejeitado pelo Senado. Mas se porventura ele também for aprovado pelos senadores e, posteriormente, sancionado pela Presidência da República, só restará aos magistrados arguir a inconstitucionalidade da lei perante o Supremo Tribunal Federal. "A lei é claramente inconstitucional, por conter vício de iniciativa."