O principal alvo da ação da Polícia Federal, no entanto, é o diretor do Departamento Nacional de Produção Mineral, Marco Antônio Valadares Moreira, que foi preso. Segundo a Polícia Federal, Marco Antônio usava informações privilegiadas sobre as dívidas de royalties e oferecia os serviços de dois escritórios de advocacia e uma empresa de consultoria e assim os escritórios eram contratados pelos municípios, e em troca eles repassavam propina para agentes políticos e servidores públicos. A mulher do diretor do Departamento Nacional de Produção Mineral, Lilian Amâncio Valadares Moreira é sócia de um dos escritórios e também é alvo de um mandado de prisão. Os dois entravam em contato com os prefeitos que tinham os créditos de compensação Financeira pela Exploração de Recursos Minerais. Segundo a Polícia Federal, 65% da chamada Compensação Financeira pela Exploração de Recursos Minerais (CFEM), tem como destino os municípios e só em 2015 esse valor chegou a R$ 1,6 bilhão.
Cerca de 300 policiais federais cumprem mandados de busca e apreensão em 52 diferentes endereços relacionados com o grupo criminoso. Além das buscas, os policiais também cumprem por determinação da Justiça Federal, em 11 estados e no Distrito Federal, 29 conduções coercitivas, 4 mandados de prisão preventiva, 12 mandados de prisão temporária.
As investigações da organização criminosa tiveram início em 2015, após uma sindicância que apontava a incompatibilidade na evolução do patrimônio de Marco Antônio Valadares Moreira. De acordo com a Polícia Federal, somente ele pode ter recebido valores de propinas que ultrapassam R$ 7 milhões.
Em São Paulo, através das redes sociais, Silas Malafaia disse que foi acordado por um telefonema informando que a Polícia Federal tinha estado em sua residência no Rio de Janeiro e postou um vídeo indignado afirmando, que todas as acusações contra ele são falsas e que querem incriminá-lo injustamente diante da opinião pública. Malafaia explicou que recebeu em 2013 um cheque de um membro de outra igreja chamado Jader no valor de R$ 100 mil como uma oferta. O pastor disse que depositou a quantia na conta conjunta que tem com sua esposa e declarou junto à Receita Federal.
"Em 2013 eu recebi a visita no meu escritório do meu amigo, pastor Michael Aboud, da igreja Embaixada do Reino de Deus , em Balneário Camboriú (SC). Ele levou um membro dele, um tal de Jader que queria me dar uma oferta pessoal, R$ 100 mil, depositei na minha conta e da minha esposa, e declarei. É necessário isso, porque eu não recebi uma intimação para prestar depoimento? Condução coercitiva como se eu fosse um bandido e tivesse envolvido nisso. Se tivessem dois, três , quatro , dez cheques na minha conta dava para se desconfiar, mas um cheque, que eu recebo de oferta, como eu recebo de inúmeras pessoas. Eu tô aqui indignado."
No vídeo, o líder religioso faz sua defesa e critica a ação da Polícia Federal.
Assista ao vídeo em exponho a minha indignação em relação às acusações q fazem contra mim. https://t.co/8oPdTePEjB
— Silas Malafaia (@PastorMalafaia) 16 de dezembro de 2016
Também é alvo da operação, o advogado Alberto Lima Jatene, filho do governador do Pará, Simão Jatene.
A justiça também determinou o sequestro de 3 imóveis e bloqueio judicial de valores depositados que podem alcançar R$ 70 milhões,além de determinar que as prefeituras que tem contratos com os três escritório de advocarias as empresas de consultorias que estão sendo investigadas não façam mais nenhum tipo de pagamento a elas.
O nome Operação da Polícia Federal é Timóteo em uma referência a passagem do livro bíblico Timóteo, que diz que "os que querem ficar ricos caem em tentação, armadilhas e muitos desejos descontrolados que levam os homens a mergulharem na ruína e na destruição."