O incidente aconteceu na mesma ilha em que acontecem combates entre soldados do governo e os militantes favoráveis aos terroristas há cinco semanas.
Cerca de 200 membros do grupo Combatentes Islâmicos para a Liberdade de Bangsamoro (BIFF, na sigla em inglês) trocaram tiros com o Exército, disse um chefe de polícia do povoado de Pigcawayan, inspector Realan Mamon.
Não há informações sobre feridos ou o número de estudantes feitos reféns pelos invasores da escola.
O povoado fica na provincial filipina de Cotabato do Norte, no centro da ilha de Mindanao.
Pigcawayan fica a 190 quilômetros ao sul de Marawi, cidade na qual os militantes do BIFF e combatentes de outros grupos aliados ao Daesh no país, estão sitiados e enfrentam o Exército filipino há mais de um mês.
Em razão dos confrontos, o presidente filipino Rodrigo Duterte declarou lei marcial em toda a ilha no mês passado.