"O ato ultrajante de disparar um míssil sobre nosso país é uma ameaça sem precedentes, séria e grave e prejudica muito a paz e a segurança regionais", disse o político.
Abe também pediu que as Nações Unidas aumentem a pressão em cima da Coreia do Norte e uma reunião de emergência do Conselho de Segurança da entidade.
O disparo sobrevoou a ilha de Hokkaido e caiu no Oceano Pacífico. O projétil teria viajado cerca de 2.700 quilômetros, segundo a Coreia do Sul.
A última vez que um míssil de Pyongyang sobrevoou o Japão foi em 2009, quando o país de Kim Jong-un afirmou estar lançando um satélite de telecomunicações, mas a comunidade internacional interpretou o ato como o teste de um míssil balístico intercontinental.