Alguns réus estão presos desde o início do conflito, há oito anos. Até hoje, apenas 13 pessoas foram julgadas por seus vínculos com a insurgência islâmica, segundo dados oficiais.
Segundo o ministro da Justiça da Nigéria, quatro juízes trabalharão nos julgamentos e os réus terão representação legal.
"É o primeiro julgamento significativo de suspeitos do Boko Haram", disse Matthew Page, um ex-analista do Departamento de Estado dos EUA e especialista em Nigéria.
Page afirmou à agência de notícias de AFP que embora seja positiva a realização do julgamento, trata-se de um passo "muito pequeno" já que muitos dos detidos passaram anos sem acesso a um advogado ou um julgamento.
Cerca de 20 mil pessoas já morreram nos conflitos entre Nigéria e Boko Haram.