O impasse entre Madri e os adeptos da independência da Catalunha, desencadeada por um referendo dividido em 1º de outubro que partiu a Espanha, despertou sentimentos separatistas muito além das fronteiras espanholas.
"Os nacionalismos são um veneno que impedem que a Europa trabalhe em conjunto", disse Juncker em um discurso na cidade espanhola de Salamanca, onde recebeu um prêmio.
"Não podemos ficar com os braços cruzados, porque é hora de fazer o que precisa ser feito. Eu digo 'não' a qualquer forma de separatismo que enfraqueça a Europa e amplie ainda mais as fissuras existentes", continuou.
Os comentários de Juncker decepcionarão ainda mais o presidente da Catalunha, Carles Puigdemont, que entrou no exílio voluntário na Bélgica na semana passada, depois que o governo central da Espanha respondeu a uma declaração de independência com a demissão do seu governo.
Puigdemont teve a ambição de conquistar o apoio à sua campanha de independência no coração da União Europeia e apelou para a intervenção da União Europeia (UE), que até agora não obteve resposta.
O movimento secessionista levou a Espanha à sua pior crise política desde o retorno da democracia há quatro décadas.
O porta-voz do Parlamento catalão e cinco legisladores compareceram nesta quinta-feira ante o Supremo Tribunal de Espanha em Madri para responder a acusações de rebelião e sedição por seus papéis na realização do referendo.
Outros problemas
A União Europeia também está atualmente enfrentando um enorme desafio para sua unidade com a iminente saída do Reino Unido do bloco.
A disputa espanhola também tem algumas semelhanças com a batalha pela separação escocesa, que culminou em um referendo de 2014 que rejeitou por pouco a independência.
O primeiro-ministro espanhol, Mariano Rajoy, que estava com Juncker em Salamanca, agradeceu por seu apoio "em tempos tão difíceis".
"Juncker apoiou as ações do governo espanhol, expressou seu respeito pela nossa Constituição, nossas leis e nosso sistema legal", disse ele a estudantes e professores no evento.