A agência de notícias local SANA revelou a informação neste sábado, citando um líder de campo onde os corpos de 115 pessoas foram encontrados na primeira cova.
Os restos mortais foram enviados para um hospital militar na cidade de Aleppo, no norte da Síria.
De acordo com a mídia, várias vítimas já foram identificadas.
O serviço de notícias acrescentou que, depois de exumar corpos do primeiro túmulo, os especialistas envolvidos no processo se mudaram para o segundo túmulo.
Recentemente, o Daesh foi completamente expulso do território sírio, de acordo com as autoridades de Moscou e Damasco. Já os Estados Unidos negam a informação, mas admitem que a derrota completa dos jihadistas está próxima.
O governo de Bashar Assad ainda duela contra militantes de oposição em alguns pontos do país, em um conflito que começou em 2011.