O presidente dos EUA, Donald Trump, e alguns republicanos no Congresso em ocasiões anteriores acusaram McCabe de parcialidade política, citando seu papel no FBI durante as investigações relacionadas com a Hillary Clinton e sobre a suspeita de coordenação entre a campanha eleitoral de Trump e o Kremlin.
Posteriormente, Trump passou a "perseguir" McCabe no Twitter, chegando a declarar que ele estava "acelerando o relógio para se aposentar com todos os benefícios".
Além disso, McCabe era o braço direito do ex-diretor do FBI, James Comey, que conduzia uma investigação contra o presidente dos EUA, Donald Trump, sobre supostas ligações com a Rússia, refutadas tanto pela Casa Branca quanto pelo Kremlin. Em maio, Trump demitiu Comey, alegando que ele não era capaz de desempenhar suas funções.
Após a demissão de Comey, McCabe serviu como chefe interino do FBI até a aprovação do novo diretor, Christopher Ray.