Em meados de 2017, Guardiola leu um manifesto exaltando o direito do povo catalão de realizar o seu polêmico referendo de independência, duramente reprimido pelas autoridades de Madri. Por esse motivo, ele foi incluído, junto com outras figuras de destaque da região, em uma lista de responsáveis pelo movimento separatista.
Em dezembro, o treinador deu declarações explicando que havia adotado o laço para demonstrar sua indignação diante das detenções "injustas" de políticos catalães por ordem do governo espanhol, e que, se a FA quisesse, poderia suspendê-lo por isso.
De acordo com a mídia espanhola, o avião particular de Guardiola foi alvo de uma operação da polícia da Espanha, na última semana, durante uma visita dele a Barcelona. O motivo seria uma busca pelo líder catalão exilado Carles Puigdemont, que os agentes acreditavam poder estar na aeronave.
Atualmente, seguem detidos na Espanha o ex-vice-presidente do governo regional Oriol Junqueras e os ativistas pró-independência Jordi Sànchez e Jordi Cuixart, acusados de rebelião e tentativa de secessão.
