O Escritório de Investigações Especiais da Força Aérea disse em comunicado que William Howard Hughes Jr. foi preso em sua casa após uma investigação de fraude envolvendo uma identidade falsa que ele estava usando.
De acordo com as Forças Armadas, Hughes desertou em julho de 1983, depois de retornar de um serviço temporário na Europa. Ele foi visto pela última vez na área de Albuquerque, no Novo México, onde retirou quase 30 mil dólares sua conta bancária, em 19 agências diferentes. Na época de seu desaparecimento, o militar tinha acesso a informações secretas dos EUA e da Organização do Tratado do Atlântico Norte, e suas funções incluíam o planejamento e a análise dos sistemas de comando, controle e de comunicações da OTAN.
Após ser detido, Hughes foi enviado para o centro de confinamento da base de Travis, na Califórnia, onde ficará até o seu julgamento.