Ambos os jogadores, que são albaneses étnicos e da herança kosova, comemoraram com um gesto que parecia imitar a águia exibida na bandeira da Albânia.
A Sérvia se recusa a reconhecer a independência de sua antiga província, o Kosovo, cujos 1,8 milhão de habitantes são em sua maioria de etnia albanesa, que se separaram há 10 anos.
Os jogadores negaram que sua comemoração fosse política.
"Para mim, foi um dia muito especial", disse Xhaka. “Esta é uma vitória para a minha família, para a Suíça, a Albânia, o Kosovo. O gesto foi para todos que me apoiaram; não foi destinado a nossos adversários. Foi um jogo muito emocional”, afirmou à Reuters.
Shaqiri disse: "Não tem nada a ver com política, é sobre futebol".
Uma investigação preliminar da FIFA foi aberta contra o técnico da Sérvia, Mladen Krstajic, por "supostas declarações feitas após o jogo", acrescentou o órgão.
Reportagens na imprensa mostraram afirmações de Krstajic dizendo a repórteres sérvios que o árbitro alemão Felix Brych, que negou punição à sua equipe, deve ser julgado em Haia, sede do tribunal de crimes de guerra da Organização das Nações Unidas (ONU) para a ex-Iugoslávia.
A Suíça venceu a Sérvia por 2x1 no jogo do Grupo E.