Dezenas de pessoas ainda estão desaparecidas e equipes de resgate, incluindo policiais e soldados, estão trabalhando para encontrar sobreviventes e vítimas, já que as águas das enchentes começam a diminuir.
O número é o pior em um desastre relacionado à chuva em um período de mais de três décadas, segundo a agência AFP. O primeiro-ministro japonês, Shinzo Abe, cancelou uma viagem devido ao incidente natural e deve visitar os locais atingidos ainda esta semana.
A proporção do desastre ainda está sendo medida, e as equipes de resgate começam agora a alcançar áreas isoladas por inundações ou deslizamentos de terra.
Centenas de pessoas foram retiradas de telhados onde procuraram abrigo, à medida que as águas das inundações aumentavam.
O governo disse que mais de 70 mil funcionários, incluindo policiais, bombeiros e soldados, foram mobilizados para procurar sobreviventes ou vítimas.