De acordo com a conclusão dos funcionários militares, o programa do F-35 não atende às exigências para o Teste e Avaliação Operacional Inicial (IOT&E, em inglês). Este teste é o último e o mais importante para todo o equipamento militar norte-americano antes de este ser adotado em serviço e começar sua produção em grande escala.
The National Interest apontou que os principais problemas do avião estão relacionados ao sistema de controle das armas. O F-35 apresenta "deficiências técnicas" no uso de mísseis ar-ar AIM-120, enquanto os projetis do canhão da aeronave "falham de modo consistente em atingir alvos terrestres" durante testes a baixa altitude.
Segundo a revista, os projetistas da aeronave mais cara na história dos EUA responsabilizam o software pelas falhas mencionadas, prometendo que a próxima atualização do mesmo resolverá todos os problemas. Contudo, o mesmo foi declarado vários anos atrás.
A maior parte das funções do ALIS "funciona somente com grande nível de esforço manual dos administradores do ALIS e do pessoal de manutenção", conclui o Pentágono, citado pela edição.