A Direção Nacional de Assistência médica moçambicana informou que as mortes ocorreram no bairro da Munhava, o mais populoso de Beira, na província de Sofala.
O receio é que, após esses casos de cólera confirmados em laboratório, a doença se espalhe.
Há 2.700 casos identificados de diarreia na região, mas ainda sob investigação.
As autoridades solicitaram à população da região da Beira cuidados extremos com a higiene e com a água consumida, informou a agência RTP.
O governo já enviou um milhão de doses de vacinas contra a Cólera para a região, e o processo de vacinação deve ser iniciado na segunda-feira.
O país enfrenta os impactos da passagem do ciclone Idai, cuja força dos ventos atingiu 200 quilômetros por hora, provocando a devastação, mortes e isolando pessoas. O número de mortos já superou a cifra de 446.