Tanto o Japão quanto os EUA mobilizaram um grande número de aeronaves e embarcações para a operação de busca da aeronave e do piloto. Entretanto, até o momento a operação não obteve sucesso, já que foram encontradas apenas partes da aeronave.
No momento há muita especulação em torno do acidente, incluindo um possível erro do piloto, a colisão com um pássaro, problemas técnicos com a aeronave, além de problemas na montagem e produção.
Estas especulações giram em torno de fatos que supostamente podem ocorrer, como um erro operacional, sendo que o piloto voando em alta velocidade e baixa altitude em um voo noturno poderia ter cometido um erro, não tendo tempo para enviar um sinal de emergência ao colidir com o mar.
Entretanto, problemas técnicos também podem ter ocorrido, bem como a falha de equipamentos ou acessórios utilizados no processo de montagem e produção da aeronave na fábrica japonesa, segundo o China Daily.
Vale ressaltar que o Japão e os EUA formalizaram um acordo onde a Mitsubishi Heavy Industries foi contratada para produzir 30 caças F-35A no Japão, utilizando sobretudo componentes norte-americanos. Este acidente envolveu a primeira aeronave montada no Japão, que é conhecido pela sua alta qualidade e precisão no processo de produção.
Contudo, a mídia japonesa revelou que devido à feroz concorrência no mercado, diversas empresas estão reduzindo a qualidade dos materiais usados em seus produtos, afrouxando o controle de qualidade, bem como usando pessoal não qualificado no controle de qualidade, o que provoca uma série de problemas na produção.
Além disso, o caça F-35 já apresentou diversos problemas, sendo assim, os problemas de qualidade não devem se restringir apenas a instituições ou a tripulações, e isso faz com que a capacidade do caça também seja questionada, bem como sua eficiência.