Segundo a emissora NHK, o navio norte-coreano começou a afundar após a colisão e cerca de 20 pessoas se jogaram na água.
O incidente ocorreu a cerca de 300 quilômetros da península de Noto, na zona econômica exclusiva do Japão.
A Guarda Costeira e a Agência de Pesca do Japão enviaram navios de patrulha para a área para impedir a pesca ilegal, informou a emissora.
O Japão e a Coreia do Norte não têm relações diplomáticas.
De acordo com a agência Kyodo, uma parte dos marinheiros norte-coreanos foi resgatada, porém a mídia não detalhou quantos foram resgatados.
Em maio, dois navios de carga dos países colidiram no oceano Pacífico, na costa leste do Japão.
Em 2018, um barco de pesca japonês, que transportava oito tripulantes, colidiu com uma traineira sul-coreana no mar do Japão, nas proximidades das ilhas Dokdo (Takeshima), contestadas por Seul e Tóquio. Após o incidente, o navio sul-coreano começou a afundar, no entanto, a tripulação de 13 membros teria sido resgatada.