Em uma mensagem transmitida pela televisão, Muscat disse que informou o presidente de Malta que deixará o cargo de líder do Partido Trabalhista em 12 de janeiro e que "nos dias seguintes renunciarei como primeiro-ministro".
Horas antes, milhares de malteses protestaram diante de um tribunal na capital, Valletta, exigindo que ele deixasse o cargo.
"Como primeiro-ministro, prometi há dois anos que a justiça seria feita no caso do assassinato de Daphne Caruana Galizia", disse Muscat de acordo com a agência de notícias Associated Press. "Hoje estou aqui para dizer que mantenho minha palavra."
Muscat observo que, além de três pessoas presas logo após o atentado por envolvimento no assassinato, agora existe alguém "acusado de ser a principal pessoa por trás desse assassinato".
Muscat estava se referindo ao importante empresário maltês Yorgen Fenech, que na noite de sábado foi acusado de suposta cumplicidade no assassinato e de supostamente organizar e financiar o atentado. Fenech diz ser inocente.
O ex-chefe de gabinete de Muscat, Keith Schembri, foi ligado ao assassinato. Schembri era um dos alvos das reportagens investigativas de Galizia. O chefe de gabinete do premiê renunciou na semana passada e chegou a ser preso, mas foi libertado logo depois. Ele também afirma ser inocente.
O Partido Trabalhista tem uma maioria confortável no Parlamento e pode conseguir indicar um novo primeiro-ministro sem a necessidade de uma eleição nacional.