Nomeado pelo ex-governador de São Paulo em junho de 2005, Souza é acusado de desviar recursos públicos durante as gestões tucanas entre os anos de 2009 e 2011, durante os governos de José Serra, Alberto Goldman e do próprio Alckmin.
Uma fonte revelou ao jornal Folha de S. Paulo que o engenheiro tem "pensado muito" na possibilidade de uma colaboração premiada, mas que uma decisão final ainda não foi tomada. Contudo, diante do avanço das investigações, ele deve decidir a respeito em breve.
Em colaboração com autoridades suíças, investigadores brasileiros descobriram que Souza tinha 35 milhões de francos suíços em 2016 naquele país – R$ 113 milhões à época. No ano passado, o montante foi transferido para um banco nas Bahamas.
Segundo o Ministério Público, Paulo Preto comandou o desvio de dinheiro em obras como trecho Sul do Rodoanel, o prolongamento da avenida Jacu Pêssego e da Nova Marginal Tietê, em São Paulo, quando era diretor da Desenvolvimento Rodoviário (Dersa).
Segundo o Ministério Público, as movimentações das contas em valores superiores a R$ 2,5 milhões, entre 2009 e 2010, são "incompatíveis com o cargo público ocupado".
Na Operação Lava Jato, o operador financeiro Adir Assad afirmou ter repassado R$ 100 milhões a Souza, dinheiro que serviria, entre outras coisas, para o financiamento de campanhas do PSDB via caixa 2. No Estado de São Paulo, o ex-diretor da Dersa supostamente seria o centralizador dos recursos.
No inquérito contra Serra, Souza aparece justamente como um elo entre as empreiteiras e recursos irregulares para suas campanhas eleitorais. O engenheiro foi denunciado em março pelo desvio de R$ 7,7 milhões entre 2009 e 2011.
Em notas oficiais, o PSDB paulista negou qualquer irregularidade, ressaltando que todas as doações feitas ao partido foram declaradas à Justiça Eleitoral. Já a Dersa se diz grande interessada, sobretudo em prol do eventual ressarcimento dos cofres públicos.
Da sua parte, Alckmin sempre negou conhecer o suposto operador do PSDB, apesar de ter sido o responsável por sua nomeação. Nos bastidores tucanos, o atual ministro de Relações Exteriores, Aloysio Nunes Ferreira, é tido como o padrinho político de Souza.