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Os voos de treinamento foram retomados no início de setembro, depois que todos os voos no âmbito da missão de proteção do espaço aéreo sobre países bálticos foram interrompidos em decorrência de um incidente com o lançamento acidental de um míssil ar-ar pelo caça da Força Aérea Eurofighter no dia 7 de agosto. Até agora o míssil não foi encontrado.
Em 30 de agosto, os pilotos da Força Aérea alemã e cinco caças Eurofighter mudaram o contingente da Força Aérea da França com quatro caças Mirage 2000-5, que protegiam o espaço aéreo dos países do Báltico desde 3 de maio. A unidade que chegou na Estônia inclui cerca de 160 militares. A base principal da esquadrilha alemã é Neuburgo, no estado de Baviera.
Os voos são conduzidos com base em acordos entre países da OTAN em áreas especialmente designadas. Essas zonas para voos em baixas altitudes são atribuídas por todos os governos dos países bálticos. Segundo os militares, os voos não contradizem as leis da Estônia e são coordenados com o departamento de aviação.
Os países do Báltico não possuem aviões adequados para patrulhamento aéreo. Por isso, desde abril de 2004 (depois da adesão à OTAN), a proteção do espaço aéreo é conduzida por aeronaves dos países da Aliança, no aeroporto de Zokniai na Lituânia, a cinco quilômetros de Siauliai, e também na base aérea de Amari. Na cúpula da OTAN em Chicago, em 2012, a missão foi prorrogada por um período indefinido.