A mídia local declarou que Mursi, de 67 anos, estava participando de uma sessão em seu julgamento por acusações de espionagem quando ele desmaiou e morreu.
Seu corpo foi levado para um hospital, prosseguiu a TV estatal.
Mursi, uma das principais figuras da Irmandade Muçulmana, foi eleito em 2012 nas primeiras eleições livres do país após a saída do líder Hosni Mubarak.
Contudo, ele acabou derrubado pelas Forças Armadas em 2013, após protestos em massa contra essa regra.
Mursi cumpriu pena de sete anos por falsificar o pedido de candidatura para a corrida presidencial de 2012.