O navio, cuja construção custou US$ 3,2 bilhões (R$ 19,1 bilhões), sofreu uma falha mecânica importante em 2022, causada por um problema com o eixo da hélice do estibordo.
O incidente ocorreu na costa da ilha de Wight, menos de 24 horas depois de atravessar o Atlântico, porém não foi o único acidente com esta embarcação.
Em dezembro de 2020, uma inundação destruiu os sistemas elétricos vitais do navio, permanecendo em Portsmouth até 30 de abril de 2021, quando voltou a operar.
Durante sua estadia na doca seca na Escócia, algumas partes do HMS Prince of Wales foram desmontadas para serem utilizadas na substituição de elementos danificados do HMS Queen Elizabeth.
O desmantelamento de algumas peças da embarcação, um processo conhecido como "canibalização de equipamentos", tem poupado tempo e dinheiro, relatou fonte da Marinha britânica ao The Telegraph.