O auge da tensão veio em 8 de janeiro, quando manifestantes invadiram os prédios dos Três Poderes em Brasília. Nos vídeos, era possível ver militares e policiais parados, sem conter os manifestantes. A ação acabou sendo caracterizada como permitida pelos militares para acontecer.
Ao longo do ano, o Ministério da Defesa, liderado por José Mucio Monteiro, costurou uma série de ações para que as Forças Armadas e o Executivo brasileiro abrandassem o mal-estar. Entre elas está o fato de que Lula passou, no fim do primeiro semestre, a telefonar diretamente para os comandantes militares, em vez de usar Mucio como intermediário dos contatos, relata o jornal Folha de S.Paulo.
Outra ação que fez o caminho para a aproximação ocorreu quando a ala majoritária do PT, sigla do presidente, tentou aproveitar o momento de crise militar para aprovar medidas no Congresso para extirpar atribuições dos militares e alterar o artigo 142 da Constituição.
O movimento, capitaneado pelo deputado Carlos Zarattini (PT-SP), acabou enterrado pelo próprio governo Lula, que articulou a construção de uma Proposta de Emenda à Constituição (PEC) pactuada com os chefes militares para prever apenas a proibição de que militares permaneçam na ativa caso disputem eleições.
A pasta da Defesa também articulou junto ao presidente, para evitar a recriação da Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos (CEMDP), uma demanda do ministro dos Direitos Humanos, Silvio Almeida, a fim de apurar crimes cometidos durante a ditadura militar.
Na visão do professor de ciência política da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) Lucas Pereira Rezende, o princípio adotado por Lula na relação com os militares segue o mesmo adotado nos dois governos anteriores.
"O princípio da acomodação dos militares para que eles não interfiram em questões de ordem política doméstica", disse Rezende, ouvido pelo jornal.
No entanto, o professor destaca que há diferenças fundamentais entre as gestões petistas.
"Hoje nós temos um embaixador dos militares no Ministério da Defesa, e a via passou a ser contrária. Os militares dizem o que querem fazer, e o ministro [José Mucio] comunica isso ao governo. E o papel do ministro da Defesa deveria ser o contrário: um ator político sinalizando aos militares o que eles devem fazer, ou seja, a sociedade demandando aos militares."
O momento de maior embate entre o Executivo e as Forças Armadas, após as invasões em janeiro, foi a demissão do então comandante do Exército, general Júlio César de Arruda, na esteira da quebra de confiança pelos atos de 8 de janeiro e a relutância em tirar o ex-ajudante de ordens, Mauro Cid, do cargo de chefia em Goiânia.
Na época, foi ventilado que a ação também tinha como objetivo lembrar às Forças Armadas que são subordinadas ao Executivo e que, no fim, quem "manda" é o presidente da República.
A mídia ainda cita a ação realizada pela Força Aérea Brasileira (FAB) para resgatar os brasileiros no conflito na Faixa de Gaza e o apoio do governo nas discussões sobre o aumento do orçamento das Forças e dos conflitos entre as Forças e a Polícia Federal como momentos que elevaram a relação entre Lula e os militares.