O relatório do corregedor nacional de Justiça Luís Felipe Salomão indicou em abril indícios de que ambos descumpriram ordens do Supremo Tribunal Federal (STF) na condução de casos ligados à operação e, no início de junho, foi aberto um processo administrativo disciplinar (PAD) para apurar as supostas violações.
O Plenário Virtual do CNJ aprovou por unanimidade a proposta do relator do PA, conselheiro Luiz Fernando Bandeira de Mello, do retorno dos desembargadores às suas funções. Ele alegou quais "fatos novos" justificam o retorno dos magistrados, como a situação de calamidade pública no Rio Grande do Sul devido às enchentes de abril e maio, onde fica a sede do TRF4, severamente atingido na capital gaúcha.
"É notório que o retorno à normalidade das atividades do Poder Judiciário da região dependerá do esforço de todos os membros", declarou ele.
Outro argumento para a reintegração dos magistrados foi que a coleta de depoimentos de servidores dos respectivos gabinetes já ocorreu sem a interferência dos magistrados investigados, não havendo mais risco às investigações.
Além de Thompson Flores e Loraci Flores de Lima, também são alvos de PAD os juízes Danilo Pereira e Gabriela Hardt, que atuaram na Lava Jato como membros da 13ª Vara Federal em Curitiba, instância original da operação.
Em 16 de abril, Salomão votou pela abertura de um processo administrativo contra Danilo Pereira Júnior, Thompson Flores e Loraci Flores de Lima. De acordo com o corregedor, os três descumpriram "reiteradamente" decisões do STF, comprometendo "a segurança jurídica e a confiança na Justiça".
Ele também votou nesse mesmo dia pela abertura de um processo contra o ex-juiz e senador Sergio Moro (União-PR) e Gabriela Hardt. Hardt, juíza federal do Paraná, havia sido afastada do cargo um dia antes pelo próprio ministro, suspeita de burlar a ordem processual, violar o código da magistratura e prevaricar. Entretanto, dias depois, o Plenário do CNJ derrubou a liminar.
Em 20 de maio, o ministro do STF Flávio Dino manteve a decisão do conselho que afastou das funções os desembargadores. A defesa dos desembargadores havia alegado que o afastamento era ilegal e violava a independência funcional garantida aos magistrados, uma vez que não havia fato grave nem "configurador de infração disciplinar". Dino rejeitou o recurso protocolado pela defesa de ambos.