Em abril de 1992, realizou um autogolpe, dissolvendo o Congresso e o Judiciário. Seus apoiadores lhe atribuem o mérito de conter a hiperinflação herdada do governo anterior por meio da implementação de um severo ajuste econômico conhecido como Fujishock, bem como o desmantelamento da organização terrorista Sendero Luminoso.
No entanto, esses resultados foram alcançados ao custo da supressão das instituições democráticas. Seu regime criou esquadrões da morte, como o Grupo Colina, responsáveis por massacres, e promoveu esterilizações forçadas que afetaram até 300 mil mulheres pobres e indígenas, com financiamento e apoio da Agência dos Estados Unidos para o Desenvolvimento Internacional (USAID, na sigla em inglês).