"Uma investigação completa sobre o trágico incidente está em curso, em parceria com o governo afegão", disse o oficial, em um comunicado.
Segundo a ONU, o ataque pode ser considerado um "crime de guerra", caso tenha sido intencional.
"Esse acontecimento profundamente chocante será investigado de forma imediata, profunda e independente, e os resultados devem ser divulgados ao público", disse o chefe de Direitos Humanos da ONU, Zeid Ra'ad al Hussein, acrescentando que "a gravidade do incidente é agravada pelo fato de que, se for considerado intencional pela Justiça, um ataque a um hospital pode ser considerado um crime de guerra."
Anteriormente, o governador em exercício da província de Kunduz, Hamdullah Danishi, dissera que os talibãs haviam usado o espaço do hospital como esconderijo e que, de lá, eles rotineiramente disparavam armas "pequenas e pesadas".
"Nós rejeitamos os relatos de que quaisquer talibãs estavam dentro do hospital no momento do bombardeio ou que quaisquer tiros tenham sido disparados", disse Kate Stegeman, porta-voz do MSF, citada pela NBC News.
Cerca de 200 pessoas estavam no hospital na hora da tragédia. Pelo menos 22 pessoas morreram, 37 ficaram feridas e dezenas ainda estão desaparecidas.
O MSF suspendeu suas operações em Kunduz neste domingo e pediu uma investigação independente sobre o ataque.